Entre 1980 y 2000, la región Ucayali se vio envuelta en hechos de violencia que afectaron a sus pobladores y al país en general. Por ello la Marina de Guerra del Perú refuerza plenamente su presencia en dicha región para cumplir la misión de pacificar esta zona, instalando su sede central en Pucallpa, y sus diferentes unidades en los poblados de Nueva Requena, Contamana, Atalaya, Puerto Inca, Aguaytía, San Alejandro, Von Humboldt, Zorrillos, Sepahua, Zúngaro, Libertad, Huipoca y San Pedro de Chio.
A lo largo de los años, la Marina de Guerra del Perú ha participado en el conflicto interno que el país ha librado contra grupos y elementos al margen de la ley, que quisieron imponerse por medio del terror; el objetivo principal fue recuperar la paz y brindar la seguridad necesaria para lograr el desarrollo social en el área que le fue asignada.
Si bien hoy la región tiene tranquilidad, el proceso de recuperar completamente la paz no ha sido descuido, hecho por el cual los marinos de guerra continúan atentos, prestando su servicio y encontrándose desplegados en bases contrasubversivas en siete localidades: Pucallpa, Zorrillos, San Alejandro, Huipoca, Aguaytía, Atalaya y Sepahua, así como en los Puestos de Control Fluvial de Capitanías y Guardacostas de Orellana, Contamana, Puerto Inca, Atalaya y la Capitanía de Puerto de Pucallpa, quienes tienen el deber de controlar las actividades acuáticas, velar por la seguridad de la vida humana en los ríos de esta parte de la Amazonía y reprimir cualquier acto ilícito en el ámbito fluvial de su jurisdicción.