El 05 de enero de 1864 arribó a Iquitos la primera flotilla Fluvial conformada por los vapores “MORONA”,“PASTAZA”,“NAPO” y“PUTUMAYO” , posteriormente en 1905 fue incorporado a esta Flotilla el BAP. “AMERICA”.
La Flotilla de Unidades Fluviales ha tenido diferentes denominaciones; en 1900 Flotilla Fluvial de Lanchas a Vapor del Departamento de Loreto. La denominación de “Flotilla Fluvial” fue cambiada en el año 1922 por la de “Flotilla Fluvial de Guerra” y el 30 de Marzo de 1925 se le denomino “Flotilla Fluvial del Oriente”.
Es así que estando con esta denominación, con fecha 29 de Abril de 1935 fueron incorporadas las cañoneras fluviales BAP. “AMAZONAS” y BAP. “LORETO” y con fecha 03 de Octubre de 1951 fueron también incorporadas las cañoneras fluviales BAP. “MARAÑON” y “BAP. UCAYALI”, posteriormente, el 13 de Abril de 1976 pasa a formar parte de la flotilla el buque hospital BAP. “MORONA”.
En el año 1987 con R/M Nro. 1429 MA/CG de fecha 14 de Septiembre de 1987 se le cambio de denominación por la de Comandancia de la División de Cañoneras de la Fuerza Naval de la Amazonía y en el año 2002 se le cambio nuevamente por la actual, como Comandancia de la Flotilla de Unidades Fluviales.
Entre las actividades que cumple en tiempo de paz, a parte de mantener permanentemente preparados a su personal y operativo sus Unidades, participa en los Cruceros de Instrucción con los Cadetes Navales, viajes de Acción Cívica por los ríos Yavarí y Putumayo.