La Comandancia de la III Zona Naval tiene su sede en la ciudad de Arequipa. Fue creada por Decreto Supremo Nº 01 de fecha 10 enero 1962, iniciando sus actividades en el año de 1975 en las instalaciones del Cuartel Mariano Bustamante del Ejército Peruano, ubicado en el distrito de Mariano Melgar, con el nombre de Teatro de Operaciones Sur, al mando del Contralmirante Luís Bianchi Infantes.
Posteriormente en el año de 1980, por decisión del Alto Mando Naval se traslada a un local propio ubicado el la calle Juan Manuel Polar 111 – Vallecito del Cercado de la ciudad de Arequipa, siendo designada como Comandancia de la Tercera Zona Naval al mando del Contralmirante Ciro Saravia Hudson.
Esta Comandancia de Zona tiene como misión planear, organizar, conducir y evaluar el desarrollo de las operaciones de las unidades asignadas y de las actividades destinadas a proporcionar el apoyo logístico y seguridad a las unidades y dependencias del área de su jurisdicción, con el fin de contribuir al cumplimiento de las políticas, planes y directivas de la Comandancia General de Operaciones del Pacífico y del Comando Operacional del Sur.
En una dinámica permanente, esta Comandancia, en el cumplimiento de la misión encomendada, desarrolla diversas actividades de acción cívica y, participa, junto con autoridades locales e instituciones en el desarrollo socio económico de la Región, con esta y otras acciones, en el área de su jurisdicción, incrementa la presencia Naval y deja en alto la imagen de la Institución, manteniéndose incólume a sus tradiciones y fortaleciendo sus relaciones con la comunidad.